System operacyjny debian server posiada zasadnicze narzędzia oraz programy, które zapewniają prawidłowe funkcjonowanie komputera. Jako rdzeń stosuje się systemu operacyjnego nazywanego jądrem, w wielu przypadkach jest to jądro FreeBSD czy też Linux. Jądro to pozwala na zarządzanie różnymi programami i ich uruchamianie.